Dockerコンテナを多数運用しているサーバーはどのように管理すべきですか？

数十人が共同で使用するサーバーがあります。

それぞれがコンテナでプロジェクトを配信しているのですが、

サーバーの再起動などの問題が発生したときに、これらのコンテナに管理者がどう対応すべきか悩んでいます。

普段のDockerコンテナ起動コマンドを一つひとつ提出してもらって、それを実行してあげるべきなのか、
あるいはDocker Composeで構成して、プロジェクトごとにフォルダへ入って compose up を実行してあげるべきなのかなど、

管理者として複数のコンテナをどのように管理しているのか、アドバイスをお願いします。