研究知識を捉えて可視化する分野は、個人的にかなり興味深い。公開される研究量は増え続けていて、読書アプリはまだ基礎的な水準にあり、読むツールとノートツールがやや分断されているため、深く読み込み吸収することはいまだに難しいと感じる
Google PDF readerは、参考文献を簡単にたどる問題にようやく取り組み始めたところで、自分はPDFjsライブラリ上のリーダーのように、個人の研究知識を捉えて整理するアプリを作った: https://www.knowledgegarden.io/
さらに、可視化とカスタマイズ可能なノートの文脈が、情報を思い出して結び付ける助けになる
なぜ？このツールは単に PDF をパースするだけで、研究者が実際に何かしなければならないわけでもない
Windows 用のまともな ローカル PDF リーダー のおすすめがあるか気になる。最近いろいろな論文を大量に読んでいるが、Acrobat Reader で引用をクリックすると非常にストレスがたまる
文書は参考文献の場所までスクロールされるが、たいていの論文のような長い一覧の中で該当項目を明確に示してくれず、機能する戻るボタンもないようなので、元の読んでいた場所までまたスクロールしなければならない
Windows では、論文読みと標準 PDF リーダーとして Sumatra PDF を10年以上使ってきた。引用をクリックすると参考文献ページに移動し、その論文が画面の一番上に来て、Alt-leftarrow で戻れる
1件のコメント
Hacker News の意見
これは結局終了するに決まっているので、もう今から日数を数えている。Googleに依存して痛い目に遭いすぎたし、今や信頼できるのはトラッキングと広告の押し込みだけだが、それは毎日さらに上手くなっている
研究知識を捉えて可視化する分野は、個人的にかなり興味深い。公開される研究量は増え続けていて、読書アプリはまだ基礎的な水準にあり、読むツールとノートツールがやや分断されているため、深く読み込み吸収することはいまだに難しいと感じる
Google PDF readerは、参考文献を簡単にたどる問題にようやく取り組み始めたところで、自分はPDFjsライブラリ上のリーダーのように、個人の研究知識を捉えて整理するアプリを作った: https://www.knowledgegarden.io/
さらに、可視化とカスタマイズ可能なノートの文脈が、情報を思い出して結び付ける助けになる
満足して使っている論文読書ツールがあるのか気になる。Zoteroは必要なものの大半を満たしてくれるが、論文をもっと素早く整理したいし、注釈ツールももっと良いものだといい。AIによる読書支援もあるとうれしい
アプリ内にハイライト管理を統合し、トピック別にハイライトを抽出して、折りたたみ可能なノートやアウトラインのような文書要素としてノートに整理し、より複雑な論証を計画するのに使える。おかげで能動的に読むことがずっと楽になった
論文整理についてはもっと良い方法を見つけたいし、方法論的には本を時代、思想学派、観点別に分類するのが大いに役立つ
長い文書で著者が「Theorem 3.3により成り立つ」と書いていて、PDFが十分に新しく「Theorem 3.3」が内部リンクになっていれば、マウスを乗せるだけで定理の内容をすぐ確認し直せる
2024-03-21_Quantum_EntanglementのようにしているCTRL-SHIFT-DRAGでファイルをZoteroにリンクとして入れられる: #77。Zotero内で整理してもよいが、必ずしもそうする必要はなく、ファイルは複数のZoteroフォルダにリンクできる。文献フォルダとZoteroデータベースはNextcloudでバックアップ先に同期しているZoteroでは同期をオフにし、“Base directory”をローカルの文献フォルダに設定し、PDF Viewを“System default”にしている。
recursiveCollectionsをTrueに変えるとフォルダ内で再帰的なクイック検索が可能になり、CTRL-Shift-Cで参考文献をクリップボードにコピーするダークテーマは https://github.com/Rosmaninho/Zotero-Dark-Theme を使い、
%AppData%\Zotero\Zotero\Profiles\のXXXXXXXX.defaultにchromeフォルダを作ってuserChrome.cssを入れ、Zoteroを起動するアドオンとしては、デフォルトのPDF添付ファイル選択を助けるzotero-pdfkit https://github.com/sharpevo/zotero-pdfkit/… https://github.com/frangoud/… https://github.com/retorquere/… https://github.com/windingwind/zotero-tag を使っている
PDFツールとしては、パスワード削除とロック解除、変換用にqpdfを使い、WSLで
apt-get install qpdfとしてインストールする。パスワード削除はqpdf --decrypt --password="" input.pdf output.pdfで処理するSumatraPDFはPDF閲覧とハイライト、コメントなどの注釈追加が本当に速く、テキストのハイライトは
A、ファイル保存はCTRL+SHIFT+S。Adobe Acrobatよりはるかに速いpdfplumberはPDFの表をデータパイプラインに抽出する優れたPythonパッケージで、Jupyter Labと一緒に使うのに向いている。PDF X-Change viewerは
choco install pdfxchangeviewerでインストールし、ページ/PDFの手動OCRに使っているかなり新しく活発に開発中だが、学術研究が主な焦点ではないため、引用サポートやバックリンクのような本格的な学術機能が追加されるとは思えない。ただし、読んでいる記事につながるインターネット上のバックリンクはある
研究プロジェクトごとにGoogle Docsを1つ用意し、共同研究者と共有している。それぞれが文書内に自分のセクションを持つので、互いに情報も簡単に共有できる
重要な論文のほとんどは https://www.semanticscholar.org/ でハイライト付きで読める。PDF Semantic Reader と、ざっと読むための補助機能を提供している
論文を読むには 深い集中 が必要。最後まで本当に読むには物理的に印刷する必要がある
紙はサイズや読む姿勢などいくつもの理由で15インチ画面よりは確実に良いが、もっと大きな画面（27インチ超）、大型タブレット（A4以上）、可能な限り大きい電子インクリーダーを試したことがあるのかは気になる。好みによっては、紙より合うものが見つかるかもしれない
かなり良さそう。Gmail アカウントに全部ひも付けるなら、これらの PDF に 注釈の保存 を実装して、Drive かどこかに保存できるようにするのか気になる
追加で、Chrome は今や読み込むすべての PDF レンダリングに、この拡張機能をデフォルトで使うようになっているようだ
良さそうではあるが、Google が研究者向けの 文書／引用データベース から突然手を引く状況を想像できるだろうか？
数年後に結局プラグを抜かれたとき、すべての注釈と引用を別の場所へ移行しなければならない状況は想像したくもない
Windows 用のまともな ローカル PDF リーダー のおすすめがあるか気になる。最近いろいろな論文を大量に読んでいるが、Acrobat Reader で引用をクリックすると非常にストレスがたまる
文書は参考文献の場所までスクロールされるが、たいていの論文のような長い一覧の中で該当項目を明確に示してくれず、機能する戻るボタンもないようなので、元の読んでいた場所までまたスクロールしなければならない
Alt-leftarrowで戻れるもっと多くの機能が必要で、注釈、ハイライト、ブックマークなどが好きなら DrawboardPDF が良く、特にスタイラスを使う可能性があるならさらに合っている
こんなに多くの ライト／ダークモード は初めて見た。Device Mode、Light Mode、Dark Mode、Night Mode がある
自分の理解では、Device Mode はブラウザ／デバイスの現在の設定に従い、Dark Mode はサイドバーだけを暗くして PDF は変えず、Night Mode はサイドバーと PDF の両方を暗くする。なぜこれほど多くのモードにしたのか気になる
ただ、Dark Mode／Night Mode に分けるより、トグル1つのほうが良かったと思う
悪くはないが、Google Scholar は最近 HTML ページから cited by、related articles のようなリンクをすべて削除していた。機能が復旧するまで約2か月間その状態で、近いうちにまた削除する可能性が高い
Google Scholar は良くなっているのではなく、悪くなっている。Google の開発者たちは、世界中の一般的な研究者のコンピューターがどのようなものかをまったく分かっていないようだ。自分たちが経験している環境を基準に開発しているが、現実に合っていない。JavaScript ベースの遅くて計算コストの高い PDF リーダーは、こうした無知のまた別の表れだ