FDA、数十種類の遺伝性がん素因を調べる初の血液検査を承認

 (insideprecisionmedicine.com)
1 ポイント 投稿者 GN⁺ 2023-10-04 | 1件のコメント | WhatsAppで共有
  • FDAがInvitae Common Hereditary Cancers Panelを承認し、血液でがんリスク上昇に関連する47遺伝子のDNA変異を評価する道が開かれた
  • 今回のde novoマーケティング承認は新たな規制分類を設けるもので、同種の後続機器はFDA 510(k)市販前手続きを利用できる
  • FDAはラベリングと性能試験を含む特別管理基準を設定し、主要な変異報告精度には高い陽性・陰性一致率の要件を課した
  • この処方検査は診療現場で採血した後に検査室で分析し、変異解釈には文献・公開データベース・予測プログラム・Invitae社内キュレーションデータベースを併用する
  • 偽陽性・偽陰性と結果の誤解が主なリスクであり、特に偽陰性は患者が必要な監視や臨床管理を逃すおそれがある

FDA承認と検査範囲

  • FDAは、がんに関連する可能性のある数百種類の遺伝性変異の特定を支援できる初の血液検査を承認した
  • Invitae Common Hereditary Cancers Panelは、血液サンプルから特定のがん発症リスク上昇に関連する47遺伝子のDNA変異を検出する
  • 1回の検査で複数の遺伝子を評価でき、**次世代シーケンシング（NGS）**を用いる
  • FDA Center for Devices and Radiological HealthのJeff Shurenは、NGSの感度と速度が遺伝子変異に対する知見の獲得に役立つとみている

新たな規制分類と性能要件

  • FDAはこの検査にde novoマーケティング承認を付与し、新たな規制分類を設けた
  • 同種の後続機器は、FDAの510(k)市販前手続きを通じて販売承認を受けられる
  • 今回のDe Novo承認に伴い、FDAはラベリングおよび性能試験に関する要件を定義する特別管理基準を設定した
    • 置換、挿入/欠失、コピー数変異の報告精度は、検証済みの直交法と比較して**陽性一致率 ≥99.0%**でなければならない
    • 同項目の**陰性一致率は ≥99.9%**でなければならない

遺伝性がん検査の需要と利用格差

  • CDCによると、がんは100種類以上あり、米国では心疾患に次ぐ第2の主要死因となっている
  • 特定された遺伝性がん変異の数と関連検査は着実に増えている
  • しかし、こうした変異に対する実際の検査利用は大きく増えていない

診療フローと患者の反応

  • University of Vermont Medical Centerの研究チームはInvitaeと協力し、進行がん患者を早期に検査し、病原性遺伝子変異が確認された場合には遺伝カウンセリングを提供している
  • ASCOでの発表では、患者と医療提供者を対象に簡素化された検査手順への満足度を調査した
    • 患者の94%以上は、通常の診療予約の中で検査を受けられた点を肯定的に評価した
    • 参加者の82%は、検査結果を理解できたことに自信を示した

処方検査の方式と変異解釈

  • Invitaeの処方検査は、医師のオフィスなどの診療現場で検体を採取し、検査室へ送る方式である
  • 変異の臨床的解釈には次の根拠が用いられる
    • 公表文献
    • 公開データベース
    • 予測プログラム
    • Invitae社内のキュレーション済み変異データベース
  • 変異解釈の基準は、専門機関または認証委員会が定めた基準に基づく

主要遺伝子と関連疾患

  • 検査で特定する臨床的に重要な遺伝子にはBRCA1・BRCA2が含まれ、遺伝性乳がん・卵巣がん症候群と関連する
  • Lynch症候群関連遺伝子にはMLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAMが含まれる
  • CDH1は主に遺伝性びまん性胃がんと小葉乳がんに関連する
  • STK11はPeutz-Jeghers Syndromeと関連する

検査リスクと臨床上の注意点

  • この検査に関連する主なリスクは偽陽性、偽陰性、結果の誤解である
  • 偽陰性の結果は患者に誤った安心感を与える可能性がある
  • 偽陰性となった患者は、適切な監視や臨床管理を受けられないおそれがある

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1件のコメント

 
GN⁺ 2023-10-04
Hacker News のコメント

  • すばらしいニュース。Invitae の検査を受けたが、きっかけはこの記事だった: https://jakeseliger.com/2023/07/22/i-am-dying-of-squamous-ce...
    私の理解では、FDA 承認を受けると保険適用が可能になるということ
    腫瘍内科医から聞いたところでは、血液検査は現在、がんプロファイリング分野の無法地帯に近いらしい。CARIS https://www.carislifesciences.com/products-and-services/mole... や Guardant360 https://guardanthealth.com/products/tests-for-patients-with-... のような血液検査が承認されることは、保険の観点では重要に見える

    • FDA 承認は、臨床医が実際に使い、保険会社が費用を償還するための第一歩にすぎない
      医師に処方を依頼し、保険償還まで受けられるようになるには、まだ2年ほど、場合によってはそれ以上かかる可能性が高い
      ただし、これで法的には製品を告知でき、理論上は自己負担で受けることができる
    • FDA の認可と保険適用は別物。3年以上前から認可済み製品を販売している小さなメーカーを知っているが、どの保険会社もその製品をカバーしていない
      保険適用は基本的に、メーカーと保険会社の間の待ちのゲーム。十分な資本で持ちこたえながら幹部との関係を作れればカバーを得られるし、そうでなければ簡単ではない
    • 少し失礼な方向かもしれないが、今の状態がどうなのか気になる。状況は良くなったのだろうか

  • はっきりさせておくと、この検査はがんリスク上昇に関連する47個の遺伝子を検査するもの。Galleri のような血液検査と違い、現在がんがあるかを知らせる検査ではない
    0: https://www.galleri.com/

    • がんがあるかを潜在的に知らせられる血液検査はすでにかなり多い。別の例はこちら: https://www.personalgenome.com/products/elio-plasma-resolve
      共通点は、いずれもFDA 承認を受けたものではなく CLIA 検査だという点
      原文の Invitae の検査は FDA 承認を受けており、これは決して小さな成果ではない。簡単なプロセスではなく、技術の信頼性にも大きな後押しになる
      Grail が自社の検査で FDA 承認を得られるなら、とっくにそうしていただろう
    • そのうちどれが実際の行動につながるのか分からない。「よく食べ、運動し、タバコを吸うな」以外に具体的な推奨があるのか気になる
      単に不安をあおるだけにも見える

  • こうした検査で一番心配なのは、将来自分のリスクプロファイルを知ることが、健康保険への加入・継続能力や保険料にどんな意味を持つのかという点。オランダに住んでいるので、おそらく大きな問題ではないかもしれないが、米国は違う可能性があり、未来は分からない
    だから、こういう検査をあまり受けたくない、あるいはまったく受けたくなくなる

    • 米国には 2008 年制定の Genetic Information Nondiscrimination Act があり、遺伝情報に基づく保険差別を禁じている。日常的な血液検査、正確には遺伝子検査が予防医療を次の段階へ引き上げる中で、今後 50 年の重要な基準法になると思う
      https://www.genome.gov/about-genomics/policy-issues/Genetic-...
    • 米国では問題にならないはず。ACA は、保険会社に既存疾患のある人もカバーすることを求めている
      兄弟コメントで言及されている GINA もここに関係するが、名前をよく思い出せなかった
    • こうした情報が就職そのものを妨げることもあり得るのか気になる。他の条件が同じ2人の候補者がいるなら、企業によっては大きながんリスクのない人を選びたがるかもしれない
    • 米国では、GINA が健康保険に関しては保護してくれるはずだが、他の形態の保険にまで必ずしも拡張されるわけではない
    • SF 的な利用なら、電子医療記録から情報を引っ張ってくる予後・診断・能動学習エージェントが、これを事前確率として使う場合がある
      より低い技術レベルでは、影響の大きい腫瘍関連変異があれば、本人と医師が特定のがんのモニタリングや検査により注意を払うようになる
      がんは早期に発見するほど予後が劇的に良くなることを覚えておくべき

  • Invitae は、高品質な遺伝子診断検査を商用化し、妥当な価格で消費者に直接提供するという点で、本当に良い仕事をしている。出生前スクリーニングで使ったが、通常は高齢妊娠でしか保険適用されない循環 DNA 検査を、妥当な価格で提供していた
    保険者がこうした検査をカバーして、Invitae の取り組みにもっと適切に報いるようになればいいと思うが、米国の医療システムは本当に奇妙だ
    こうした遺伝子検査、とりわけ薬物ゲノミクスのような分野の問題の一つは、医師たちがまだそれを診療やワークフローに統合できていない点。なので、検査で実行可能な情報を受け取っても、実際に何をすべきかよく分からない場合がある

    • 出生前遺伝子検査には、優生学以外にどんなユースケースがあるのか気になる

  • IVF 関連で Invitae の検査を受けたことがある。正直、これが可能なら、本人とパートナーの間に IVF で迂回すべきほど深刻な遺伝的不適合がないか確認しないのは、ほとんど非倫理的に感じる

  • 配られた手札でゲームをしなければならない、というのはその通り
    でも自分の確率を知るのは良いこと
    さらに良いのは、私たちががんを治療できるようになり、新しいカードを引けるようになる時だ

  • FDA発表の直接リンク:
    https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-gran...

  • 素晴らしいことではあるけれど、こうした遺伝子は23andMeのような低価格DNA検査でも特定していないのだろうか？ BRCA1とBRCA2の変異は確実に検査していると認識している
    それとも、この検査にははるかに多くの変異が含まれているのか気になる

    • 23andMeはゲノム全体のおよそ100万カ所を確認し、既知の病原性変異との相関を利用する方式。一方、Invitaeの検査は関連遺伝子のコーディング領域とその周辺の一部を実際にシーケンシングして、希少[0]変異を検出できる
      さらにInvitaeは、特定の変異、つまり誰にでも非常に多く存在するような変異が良性か病原性かを判断するために膨大な労力を費やしている
      Invitaeは特に、一部の過小代表集団では23andMe式のアプローチが重要な変異を多く見逃すだろうと主張してきた [1]
      免責: 元Invitae社員で、かつてかなり多かった株式を今も保有している。すべての見解は個人の意見である。
      [0] 集団レベルで希少という意味。よい近似として、各人は特定の多型について0個、1個、または2個のコピーしか持たない
      [1] https://www.biospace.com/article/invitae-challenges-accuracy...
    • 23andMeが技術とレポートに含める内容と、実際に運用可能な医療用検査ソリューションの間には大きな違いがある。ただし23andMeも自社の結果が医学的に関連すると宣伝してはいる: https://www.23andme.com/brca/
      しばらくの間、MyriadだけがBRCA1/2検査を実施できた。実際の遺伝子配列に特許を持っていたためである。この件は最高裁まで行き、裁判所はヒトの遺伝子配列には特許を認められないと判断した
    • アプローチが違う。23andMeもこれについて短い説明を掲載している: https://customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/202904600...

  • Invitaeは遺伝子検査を拡大し、アクセスしやすくするうえで良い仕事をしてきたが、危険な高成長戦略を選び、経済環境が変わったことでその代償を払った
    会社が長期的に現在の形で生き残れないとしても、その取り組みが消えないことを願う

  • GrailのGalleri検査は血液検査で40種類以上のがんを検出し、一部はステージ1のような早期段階でも見つける
    1検査あたり約1000ドル程度